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8月底，卫生部等五部门联合印发了《乡镇卫生院管理办法（试行）》。办法共八章、四十二条，对乡镇卫生院的规划设置、业务管理、财务管理等方面提出新的要求。作为深化医药卫生体制改革的重要文件，此次新规出台的目的，是为了规范有关卫生院的相关政策，为卫生院今后的发展明确方向。
定性：卫生院是公益性医疗卫生机构
管理办法首先明确，乡镇卫生院是农村三级医疗卫生服务体系的枢纽，是公益性、综合性的基层医疗卫生机构。政府在每个乡镇办好一所卫生院。
尽管此前相关部门已经在多次场合明确了卫生院的公益定位，但在中央文件中用文字明确地表述出来，并不多见。尽管我国乡镇卫生院绝大多数均为公立，但长期以来，政府投入不足导致欠账较多。管理办法重申公益性的意义便在于，明确政府对卫生院的举办责任，并必须保证卫生院发展的基本投入。
在明确政府举办的基础上，管理办法还要求卫生院的发展必须由整体规划：县级人民政府卫生行政部门根据本行政区域卫生发展规划、医疗机构设置规划和乡镇建设发展总体规划，统筹考虑本行政区域内农村居民的卫生服务需求、地理交通条件以及行政区划等因素，编制乡镇卫生院设置规划，经上一级地方人民政府卫生行政部门审核，报同级人民政府批准后在本行政区域内发布实施。
值得注意的是，管理办法要求，各地在制订和调整乡镇卫生院设置规划时，应当为非公立医疗机构留有合理空间。这也为社会资本办医进入基层留下了空间。
为配合实施国家基本药物制度，实现公益性，管理办法强调，乡镇卫生院全部配备和使用国家基本药物并实行零差率销售，禁止从非法渠道购进药物。强化用药知识培训，保证临床用药合理、安全、有效、价廉。
定位：提供公共卫生和基本医疗服务
此次管理办法，最引人注意的，是在其中专门对卫生院的命名、标识等做出了统一要求。
乡镇卫生院的命名原则是：县（市、区）名+乡镇名+（中心）卫生院（分院）。乡镇卫生院的印章、票据、病历本册、处方等医疗文书使用的名称必须与批准的名称一致。乡镇卫生院不得使用或加挂其他类别医疗机构的名称。乡镇卫生院标识则采用全国统一式样，具体式样由卫生部另行发布。
对卫生院命名作出要求，主要针对部分地区卫生院盲目扩大医疗功能，过度追求规模扩张等倾向，因为这些做法已经偏离了基层医疗卫生机构的定位，也不符合基层医疗卫生事业发展的方向。
管理办法对乡镇卫生院的定位是，以维护当地居民健康为中心，综合提供公共卫生和基本医疗等服务，并承担县级人民政府卫生行政部门委托的卫生管理职能。其中，中心卫生院是辐射一定区域范围的医疗卫生服务中心，并承担对周边区域内一般卫生院的技术指导工作。
卫生院的职能也明确表述为，开展与其功能相适应的基本医疗卫生服务，使用适宜技术、适宜设备和基本药物。大力推广包括民族医药在内的中医药服务。承担当地居民健康档案、健康教育、计划免疫、传染病防治、儿童保健、孕产妇保健、老年人保健、慢性病管理、重性精神疾病患者管理等国家基本公共卫生服务项目。协助实施疾病防控、农村妇女住院分娩等重大公共卫生项目、卫生应急等任务。承担常见病、多发病的门诊和住院诊治，开展院内外急救、康复和计划生育技术服务等，提供转诊服务。此外，还受县级人民政府卫生行政部门委托，承担辖区内公共卫生管理职能，负责对村卫生室的业务管理和技术指导。有条件地区可推行“乡村卫生服务一体化管理”。
在管理办法中，也对卫生院内部的科室设置进行了规范：临床部门重点可设全科医学科、内（儿）科、外科、妇产科、中医科、急诊科和医技科。公共卫生部门可内设预防、保健等科室。规模较小的卫生院也可按照业务相近、便于管理的原则设立综合性科室。
考核：服务质量并与收入挂钩
管理办法提出，要建立乡镇卫生院绩效考核制度，考核重点放在服务质量、服务数量以及服务对象满意度。考核结果作为发放绩效工资、调整岗位、解聘续聘等的依据。考核分为两个层次，县级人民政府卫生行政部门对乡镇卫生院的考核和乡镇卫生院对职工的考核。
其中，县级人民政府卫生行政部门对乡镇卫生院实行包括行风建设、业务工作、内部管理和社会效益等为主要考核内容的综合目标管理。根据管理绩效、基本医疗和公共卫生服务的数量和质量、服务对象满意度、居民健康状况改善等指标对乡镇卫生院进行综合量化考核，并将考核结果与政府经费补助以及乡镇卫生院院长的年度考核和任免挂钩。
在乡镇卫生院内部，则建立以岗位责任和绩效为基础、以服务数量和质量以及服务对象满意度为核心的工作人员考核和激励制度。根据专业技术、管理、工勤技能等岗位的不同特点，按照不同岗位所承担的职责、任务及创造的社会效益等情况对职工进行绩效考核，并将考核结果作为发放绩效工资、调整岗位、解聘续聘等的依据。在绩效工资分配中，坚持多劳多得、优绩优酬，重点向全科医生等关键岗位、业务骨干和作出突出贡献的工作人员倾斜，适当拉开收入差距。
财务：不许负债融资租赁
管理办法对乡镇卫生院的财务管理做出了明确要求，乡镇卫生院实行“统一领导、集中管理”的财务管理体制，财务活动在乡镇卫生院负责人的领导下，由财务部门统一管理。积极探索对乡镇卫生院实行财务集中管理体制。年度收支预算由乡镇卫生院根据相关规定编制草案经县级人民政府卫生行政部门审核汇总后报财政部门核定。乡镇卫生院按照年初核定的预算，依法组织收入，严格控制乡镇卫生院支出。
在此前卫生院的发展过程中，曾经出现过诸多不规范的问题，如出租科室，套取医保费用，随意举债融资等，因此在此次管理办法中，特意都进行了限制。
管理办法规定，卫生院要严格执行国家财务、会计和审计监督等相关法律法规制度。严禁设立账外账、“小金库”，以及出租、承包内部科室。严格执行药品和医疗服务价格政策，向社会公示医疗服务收费标准和药品价格。严格执行医疗保障制度相关政策。落实公示和告知制度。完善内部监督制约机制，杜绝骗取、套取医保资金行为。乡镇卫生院不得举债建设，不得发生融资租赁行为。
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